Esta región, que estaba llena de bosques de manglar y mucha biodiversidad, ha ido cambiando drásticamente su entorno por diferentes acciones como el calentamiento global, pesca de arrastre semi industrial, la tala de los manglares para construir complejos turísticos y la acidificación del océano. 

Además, la exportación de carbón a través del puerto multimodal que está en el municipio de Tolú ha aumentado el tránsito marino y genera mucha más polución debido a que lo almacenan en patios a cielos abiertos. La comunidad indígena de la vereda el Palmar, en el municipio de Santiago de Tolú, se queja porque la tierra no produce lo que antes por la acción contaminante de este fósil y denuncian que en el entorno hay muchas personas con enfermedades respiratorias y la tierra está dañada.

Los vertimientos de crudo en las aguas del golfo también han tenido un fuerte impacto en los últimos 10 años. Dos de los últimos derrames han generado marea negra y los impactos de este tipo de contaminantes en la playa pueden durar hasta por 12 años, causando que desaparezcan especies y atrofiando la cadena alimentaria.

La exploración sísmica que se ha hecho cerca del parque de corales de profundidad también ha tenido un impacto negativo en los ecosistemas por el gran impacto que tienen estas explosiones en el fondo marino. En muchas ocasiones, los pescadores artesanales encuentran especies de peces Meros boyando en estado de descomposición, sin tener claridad ni suficiente información de por qué está pasando eso.

Las comunidades de los cuatro municipios que conforman al Golfo de Morrosquillo están uniendo acciones para reclamar sus derechos ancestrales. Muchos líderes coinciden en que se debe trabajar juntos para recuperar la biodiversidad del entorno.